一切感觸來自於這篇故事 感動我六年
整個事件從頭到尾都是由美國總統George Sears精心安排的。總統的真實身份是Solidus Snake，“魔童計畫”中Big Boss的第三個兒子，傳說中戰士的完美繼承人。他策劃一切的目的都是為了擺脫“愛國者”對他的控制，建立自己的軍事帝國。Solidus Snake不留痕跡地領導了對步行戰車Metal Gear Rex的研發並收集測試資料。為了收集實戰資料，為Solidus Snake工作的美國間諜Ocelot扮成一名希望復興蘇聯的俄國間諜，接近Liquid Snake，並告知他Metal Gear的存在，然後煽動Liquid在影子摩西島發動兵變。為了繼承Big Boss的遺志，實現軍事帝國“Outer Heaven”的夢想，Liquid在Ocelot的幫助下發動了兵變。
兵變中，Liquid需要密碼來啟動戰車Metal Gear Rex，而密碼在被扣押的DARPA局長Anderson手上。Anderson保護密碼的堅定信念使得心理大師Psycho Mantis無計可施。於是Liquid又命令Ocelot對他進行拷問。在拷問中，Anderson認出了曾在美國高層出入的Ocelot，為了不讓Liquid發現自己的身份，Ocelot被迫將Anderson殺死，並偽裝成拷問事故。之後，Liquid以為前來營救的Solid Snake（電梯上升吧！主角終於出場了！）也知道密碼，就命令偽裝大師Octopus將身體換入Anderson屍體的血液，化裝成Anderson，期待在Snake營救自己時套出密碼。但Snake對密碼一無所知。反而，因為工程師Naomi Hunter在行動前給Snake注射了Fox病毒，該病毒可以識別暗殺物件的DNA，所以Octopus因為帶有Anderson的血液而被病毒所殺。Snake在這一過程中得知了Metal Gear Rex的存在。
Liquid一記不成又生一計。由於工程師Baker將啟動Rex的鑰匙卡給了Meryl，Liquid決心利用Snake和Meryl完成計畫：他化妝成Snake的教官Miller與之聯繫，告訴Snake那張鑰匙卡是用來停止Rex運轉的；並給了他許多完成任務的建議，實際上幫助了他殺死自己的手下。
之後，Snake遇上了Ocelot和人質Baker。Ocelot的右手被突然出現的Gray Fox砍下，Snake攜帶的病毒則殺死了Baker。在接下來殺死Psycho Mantis之後，Snake被Sniper Wolf抓住，受到Ocelot的拷問，而Baker交給Snake的那張裝有Rex測試資料的光碟也在這時被Ocelot得到。之後Snake成功逃獄並殺死了Vulcan Raven。
Snake歷盡艱辛，將鑰匙卡插入Rex的控制臺，沒想到卻反而啟動了Rex。Liquid乘機奪下Rex，但Gray Fox再次出現，以自己的生命為代價幫助Snake摧毀了Rex。Grey Fox也用自己的死結束了對殺死Naomi父母的愧疚和他無盡的戰鬥之路。之後，Solid Snake與Liquid Snake，這對魔童計畫的孿生兄弟，Big Boss的兩個兒子，開始了宿命的決鬥。Snake（和他的病毒一起？）最終殺死了Liquid，結束了Liquid繼承父業，建立“Outer Heaven” 的計畫。繼桑吉巴爾危機之後，Big Boss的“Outer Heaven” 之夢第三次因為Solide Snake而終結*
在任務的過程中，Snake的指揮官Campbell上校逐漸向Snake承認，自己隱瞞了這次任務的真相，原因是自己的侄女Meryl也被政府投入這次行動作為人質，以逼迫Campbell啟用Snake。但就Campbell對事件的認識而言，他雖然早就知道Metal Gear Rex的存在，但也並不瞭解總統真正的計畫，他以為這次任務就是在國防部長Jim Houseman的策劃下，殺死所有兵變當事人，包括Snake，並將Metal Gear Rex收回美國政府的手中。在最後關頭，當Houseman決定用核爆毀滅證據時，Campbell將Houseman的計畫報告了總統Sears (Solidus Snake)。而總統在這時已經得到了Ocelot收集的Rex實戰資料，因此他出面取消了核爆，並將替罪羊Houseman逮捕，成為Snake和所有人眼中的救星。知道真相的只有Ocelot而已。
這次事件之後，Metal Gear Rex的研究計畫被公之於眾。美國政府在STAR 3條約簽訂前夕受到世界輿論的指責，總統Sears被迫下臺。而實際上，是“愛國者”認為Solidus Snake不再適合擔任總統，而用這種方式讓他下臺而已。此時，Solidus Snake已經得到了他想要的：Rex的實戰數據。他所要做的就是先隱藏兩年，避開“愛國者”的視線，然後開始他在MGS2中所做的一切。而這一切，卻已然納入了“愛國者”的計畫中。因為Ocelot其實就是“愛國者”安插在Solidus身邊的間諜。
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