清室的復辟陰謀得逞，故宮國寶又將無盡流失。李石曾召集全體委員會議，磋商應對辦法，達成共識：儘快成立故宮博物院，不使溥儀複宮，保護國寶安全。為防段祺瑞之流干擾破壞，他們舉出了法定依據，即1924年11月7日的攝政府命令：所有接收各公產，暫責成該委員會妥慎保管，俟全部結束，即將官禁一律開放，備充圖書館、博物館等項之用。
著手故宮博物院的籌備，草擬《故宮博物院臨時組織大綱》，大綱規定博物院設“古物”、“圖書”兩館，並採取董事會監督制和理事會管理制。據此又草擬了《故宮博物院臨時董事會章程》和《故宮博物院臨時理事會章程》。
清室善後委員會經鄭重遴選，擬請21名董事。他們都是地位顯赫的軍政界要人和聲名洋溢的學者教授，如鹿鍾麟、張學良、盧永祥、蔡元培、許世英、熊希齡、于右任、吳敬恒等。這是為了顯示社會各界的支援，以利抵制外界對博物院的破壞，確保博物院的生存與發展。
1925年9月29日，清室善後委員會通過了上述三個檔，推定了21名董事和9名理事。還議定了“故宮博物院”的名稱，是因為博物院的院址在故宮，保藏的又是故宮的文物。
執行故宮博物院管理事務的理事會9人名單如下：李石曾、黃郛、鹿鍾麟、易培基、陳垣、張繼、馬衡、沈兼土、袁同禮。各理事推定李石曾為理事長，暫不設院長，由李石曾以理事長身份主持院務。理事會決定，故宮博物院成立開院的時間，定在具有特殊紀念意義的10月10日，那一天是推翻清王朝的辛亥革命紀念日，又是中華民國的國慶日。
從理事會決議到開院有短短旬日，可謂迅速或可說倉促，是因為情勢孤危，非急急成立速成公開之局，無以杜覬覦之心——在段棋瑞、張作霖之流的偏袒下，遜帝皇室妄圖重返故宮。
倉促開院反響強烈
開院準備緊張進行，有關報導見諸報端，由清室善後委員會擬定的《故宮博物院開院啟事》也已公告周知：
本會自接收故宮以來，賴各方面同人之努力，點查將次守竣，遵照本會條例第四條，並民國十三年十一月七日政府令，組織故宮博物院，籌備經年，已就緒。茲定於雙十節午後二時在乾清門內舉行開幕典禮，除中西兩路同時開放，並開放養心殿外古物書畫陳列，在中路各處圖書陳列在壽安宮，並開放文淵閣史料陳列。
李石曾手書的“故宮博物院”匾額，已高懸在神武門上方。
1925年10月10午後，北京各式人等紛紛擁來乾清門內，除觀看開院大典外，更欲一睹數千年來壁壘森嚴之皇家禁地，及神秘藏寶。歡快的樂曲聲中，應邀出席開院的軍政警法工商學新聞界的3500多位貴賓，也都陸續到達。
下午2時整，21名董事和9名理事入場，故宮博物院開院典禮隆重舉行，大典由董事莊蘊寬主持，他在宣佈開幕後，清室善後委員會委員長、故宮博物院理事長李石曾，報告了籌建故宮博物院經過。次由前攝政內閣總理、理事黃郛講話，內中的一段話屬對敵視故宮博物院者的嚴正警告：“今日開院，為雙十節，此後是日為國家與博物院之兩層紀念，如有破壞博物院者，即為破壞民國之佳節，吾人宜共保衛之。”
執政府外交總長、董事王正廷，京畿警備司令、董事兼理事鹿鍾麟，國民黨中央執行委員、董事于右任等相繼發言，闡述建立故宮博物院的深遠意義，籲請各界支持。
開院典禮畢，來賓與市民出入博物院各宮，觀覽宮殿建築及陳列的古物。皇宮禁地及國寶盡現眼前，人們連做夢也沒有想過，故而參觀者異常踴躍。當時的一則報導，便可窺一斑了：“惟因宮殿穿門別戶，曲折重重，人多道窄，洶湧而來，擁擠至不能轉側。殿上幾無隙地，萬頭攢動，遊客不由自主矣！且各現滿意之色，蓋三千年帝國宮禁一旦解放，安得不驚喜過望，轉生無窮之感耶？”
就在10月10日開幕式後，清室善後委員會通電全國，報告故宮博物院成立開院，意在使舉國皆知，壯大聲勢。
軍閥破壞又有“廢除拍賣”案提出倉促草創的故宮博物院舉步艱難，除了經濟上的原因外，更在於軍閥政府的破壞，幾使夭折。段祺瑞對故宮博物院理事長李石曾與博物院古物館館長易培基懷恨在心，是因為他倆全力支持馮玉祥驅逐清帝出宮，又力主接收宮中古物，建立圖書、博物館。1926年“三一八”慘案發生，段祺瑞血腥鎮壓了請願群眾，又以共產黨罪名緝拿李石曾、易培基，兩人只得離京南下避難。故宮博物院失去首領，董事會和理事會於3月下旬會議，推舉莊蘊寬、盧永祥為維護員主持院務。段祺瑞猶不甘休，放縱清室遺老來院無理取鬧，又指使內務部官員干預博物院事務。
段祺瑞倒臺後，張作霖、吳佩孚聯合控制北京政府，先由顏惠慶後由杜錫珪形式上的攝政內閣代行政務。1926年7月下旬，杜錫珪內閣公然令各部各派一人，組成故宮保管委員會，充當故宮博物院的保管員。故宮博物院董事會與理事會奮起抗爭，要求政府公開聲明，凡故宮之物不發還清帝、不變賣、不毀滅，並由院組織移交委員會點交，點交時須由各界代表組成監督委員會監督點交，以清手續。爭論至9月間，杜錫珪內閣垮臺，所謂故宮保管委員會隨之解體，未及點交接收。 1926年10月間，故宮博物院因經費匱乏陷於困境，莊蘊寬等邀集各方名流，組建故宮博物院維持會，推舉江翰為會長，莊蘊寬、王寵惠為副會長。3人提出並通過了救窮措施，即出售宮中的茶葉、皮貨等易變質物品，以補充經費之不足。
張作霖於1927年6月18日出任中華民國軍政府大元帥，獨自把持了北京政府，擅作主張成立故宮博物院管理委員會，於10月下旬接收了故宮博物院，另派王士珍為院長、袁金鎧為副院長，他又放言要提取故宮藏物。
南京國民政府建立後，國民革命軍第二次北伐，於1928年6月中抵定北平，接收了故宮博物院，由易培基出任院長，著手擬訂《故宮博物院組織法》與《故宮博物院理事會條例》。
國人歡慶軍閥割據結束，國家統一，博物院同伺未，何翊，與國府委員經亨頤向政府遞交了《廢除故宮博物院，分別拍賣或移置故宮一切物品》提案，列舉理由如下：
故宮博物院名稱不妥，“故宮”二字，很有懷念的意思，不免有禾黍離離之大感，與其稱為故宮，不如稱為廢宮。其次故宮稱為博物院，更大不妥，簡直不通，五字連綴起來，可說是一種莫名其妙的機關，所以不如根本廢除為是。
這種博物院陳列各種模型，研究宮內應如何設備，皇帝所用的物事，豈不是預備哪個將來要做皇帝，預先設立大典等處嗎？
故宮裏的幾件珍貴品，不過古董一小部分，照現在的組織有什麼圖書文獻，決不是一般博物館所有的事，這種組織萬萬不像，博物館的組織既不博，又不合用。
皇宮不過是天字第一號逆產就是了，逆產應當拍賣。
故宮博物院難免有黑幕，將來一定有古董欲的人混到裏邊去，不到一二十年，珍品盡成贗品，“保管”二字竟為“保完”。
如此荒唐提案，竟然在政府的一個會議上通過了。
張繼力爭保全迎來鼎盛時期
院中同人傷心而又氣憤，聯名草擬了一份傳單廣為散發，呼籲各界齊起抗爭，保全故宮博物院。同盟會元老、國民政府司法院副院長、古物保管委員會主席張繼拍案而起，呈文具有“指導監督國民政府重大國務之施行”的中央政治會議，批駁了經亨頤的提案，要求予以否決。
張繼從5個方面加以駁斥：
1.經說，“故宮而稱為博物院，簡直不通，有懷念的意思”。“故宮”二字，不過表示以前彼處曾為“宮”而已，有何懷念之足言？至於故宮博物院聯絡成文，不過表示博物院所設之地點，與“上海特別市政府”七字聯絡成文相同，此種用法，觸目皆是，從無異議，何對於故宮博物院獨有問題耶？
2.經說，“故宮博物院……豈不是預備哪個將來要做皇帝，預先設立大典籌備處麼”。是說誠荒唐之尤者，研究以前的歷史，是完全學術之供應，而非為實行彼時之現象。現在世界學者，爭研究近代野人之生活，及發掘荒古時代原始人之器物，若以經委員所說例之，是近代學者欲棄其進化之生活，而履行古人之茹毛飲血穴居野外乎？
3.經說，“圖書、文獻，決不是一般博物院所有的事”。殊不知倫敦之英國博物院，就包有圖書文獻兩部分，相類之博物院，亦歐美所習見者，從未聞世界學者有所批評者也。
4.經說，“逆產應當拍賣”。故宮已收歸國有，已成國產，更何這產之足言？故宮建築之宏大，藏品之雄富，世界有數之博物院也。保護故宮，系為世界文化史上盡力，無所謂為清室逆產盡力也。今設院展覽，公開於民眾，亦至公也，與拍賣之後僅供私人玩弄者孰公孰私，不待辯而即知矣！
5.經說，“不到一二十年，珍品盡成贗品”。清室遺老恨溥儀之被逐，造作謠言別有政治用心。經委員身為國民政府委員，竟然拾清室遺老之牙慧，以資廢毀故宮博物院之理由，令人驚異而又費解。
張繼的呈文觀點明確，立論有力，又因他的資歷、地位與聲望，引起了中央政治會議的重視，加之朝野有識之士的支持，在第155次會議上審議了他的呈文。他在會上慷慨陳詞，大聲疾呼：“故宮文化及其藏品實有世界價值，歐美人士來游北平，莫不歎為大可列入世界博物院之數。且故宮所藏與革命史料有關者頗多，段祺瑞因此屢次思加以摧殘，張作霖也有提取故宮物品之議，賴多方之護持，始未得逞。今經委員提議廢除故宮博物院，拍賣故宮一切物品，是何居心本會保留古物，職責攸關，心所謂危，不敢緘默，明達諸公，必能排去邪議，保障文化。敢請仍照原議，設立專院，使垂久遠，後來學者幸甚，世界文化幸甚！”
中央政治會議通過了張繼的呈文，否決了經亨頤的提案，指令國民政府遵照執行。一場風波過去，故宮博物院化險為夷，10月5日，《故宮博物院組織法》頒佈，明文規定“中華民國故宮博物院直隸於國民政府”。
屬國家博物院的故宮博物院，由國民政府任命了27名理事組成理事會，決議一切重要事項，其陣容之強大，儼然國民黨中央與政府領導機構的核心。經理事會推舉、國民政府任命，由李石曾任理事長，易培基任院長，張繼任副院長。按故宮博物院組織法規定，博物院下設秘書處、總務處、古物館、圖書館、文獻館，並就理事會的職權，及5個處、館的職責作了明確的規定。
至此，故宮博物院有了法律上、組織上的保障，迎來了專家所說的“鼎盛時期”。
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